Comparando com o Windows XP, e o linux compilado com i686 e com composicao desativada, eu percebo vantagens e desvantagens.
Renderizacao de janelas do X, sem composicao, é bem mais lenta que a do windows. As vezes lembra um pentium I montando a janela... Com a composição a coisa fica bem diferente, mas nada bate a fluidez do Mac OS X...
Outra coisa chata é que a responsabilidade de passar os atalhos de teclados do X.org em um aplicativo full screen, é responsabilidade do mesmo. É engraçado quando jogos do Windows no Wine e tem todos os atalhos funcionando (O wine se encarrega disso), enquanto que muitos programas nativos do Linux não fazem isso. O bom é que pelo menos os atalhos do kernel sempre funcionam, voce pode mudar de tty quando quiser (não só para entrar em um terminal de texto, mas em um terminal gráfico, com outro usuário/sessão do X), ou mudar o brilho da tela usando as teclas de função de um notebook.
Quanto ao desempenho 3D, eu vejo jogos nativos rodando no mesmo FPS que no Windows. Muito provavelmente porque 90% do driver da nVidia é independente de plataforma. Jogos bem suportados no Wine chegam a 70% ou mais! Não vejo a hora de o OpenGL 3.2 ser implementado no driver da nvidia e no wine, com suas funcões que facilitam a compatibilidade do driectx com o mesmo =D
Sistema de Arquivos, isso é muito mais rápido. O Team Fortress 2 Leva horas para carregar no Windows. No Linux é vapt pupt! (exagero detected). Mas em compensacao o NTFS é mais "estável", Mais facil de recuperar arquivos.
O Swap é menos sádico, usa pouco até chegar próximo do limiteo. Mas se voce ficar sem memoria fisica, vai virar uma carroca seja passeando com o Pinguim, comendo Maçãs ou vendo Janelas...
Consumo da CPU... Eu tive muito problema com isso quando haviam certos bugs no X.org, KDE 4, driver nvidia e etc que faziam o processador parar la nos 20%... Hoje, mesmo meu PC sendo um Firewall, Rodar um Wireless Acess Point via Software (e um dongle), servidor vpn, ssh, dnsmasq, e roteador, o uso em idle com o KDE 4 recem logado não passa de 2%, em um singelo Athlon 939 2Ghz...
Memoria. Tirando os Leaks de memoria que volte e meia aparecem em certas versoes do X.org, fica 300MB no PC e 160MB no netbook (KDE 4.4, em ambos)
Som... Como minha placa tem suporte a mixer via hardware no alsa, dificilmente eu tenho problemas nesse setor... O windows tem a grande vantagem de ter um sistema de som simples e deixar para os fabricantes resolverem os problemas e dar suporte ao que bem entenderem. Faz as coisas funcionarem melhor, se voce tiver o driver, mas tambem introduz aqueles programas inuteis com interfaces toscas que geralmente vem empacotado junto
Joysticks e Parafernalhas: Totalmente plug-n-play. Com direito a uma entrada no painel de controle do KDE para selecionar qual joystick, checar os botoes e eixos, e calibrar. Só tem um porem, não guarda nenhuma alteração. depois que voce desligar/desconectar. Tambem não tem force feedback (A não ser que voce use hardware proprio para ser usado em um jogo, ie X-Plane)
Impressoras e Scanners: Plug n Play. O Configurador do Gnome e o web config do Cups são otimos, ainda mais quando voce percebe que aquilo tem que funcionar com todos os modelos de impressora. No Windows é uma coisa mais esquisita que a outra para cada tipo de impressora/scanner. Geralmente funciona, mas tem cada fabricante com gosto duvidoso...
Ok ja me extendi demais. Ia comparar coisas do desktop, mas ja passei da cota